Στο ΠΜΣ ΑΚΥΓΑΣ η διδασκαλία με την έρευνα συνδέονται ως εξής:

• Αποτελεί τη φυσική συνέχεια των προπτυχιακών σπουδών αφού εμβαθύνει σε γνώση με νέα γνώση, μεθόδους, καθώς και νέες τεχνικές, δεξιότητες και εργαλεία.
• Δίνει τη δυνατότητα στους μεταπτυχιακούς φοιτητές και τους διδάσκοντες να συμμετάσχουν σε ερευνητικά προγράμματα και έργα τα οποία ήδη υλοποιούνται, ή έχουν συμπεριληφθεί στις υποβληθείσες ερευνητικές προτάσεις, αλλά και αυτές που θα ακολουθήσουν μελλοντικά στο ΤΕΦΑΑ.
• Όλες οι διπλωματικές εργασίες είναι ερευνητικές με πρωτοτυπία θεμάτων.
• Παρέχει ευκαιρίες ανάπτυξης τόσο βασικής, όσο και εφαρμοσμένης έρευνας καθώς λόγω του περιεχομένου και της δομής του προτεινόμενου προγράμματος προβλέπεται η ισχυρή διασύνδεση με την έρευνα.
• Το περιεχόμενο και οι διδάσκοντες των διδασκόμενων μαθημάτων επικαιροποιούνται ανά τακτά χρονικά διαστήματα σύμφωνα με τι πιο πρόσφατες εξελίξεις στον τομέα της έρευνας σε ότι αφορά τα διδασκόμενα γνωστικά αντικείμενα.
• Ανά τακτά χρονικά διαστήματα γίνονται ειδικές διαλέξεις, τεχνικές εισηγήσεις και λοιπές εκδηλώσεις στις εγκαταστάσεις του ΤΕΦΑΑ, αναφορικά με τις νέες τεχνικές, μεθόδους, τα νέα προϊόντα και διαδικασίες που αναπτύσσονται διεθνώς.
• Σημαντικό μέρος των διδάκτρων διατίθεται για ερευνητικούς σκοπούς, για την κάλυψη των εξόδων των μεταπτυχιακών διατριβών των φοιτητών/τριών του ΠΜΣ.
• Σημαντικό ποσοστό των εργασιών που δίνονται κατά τη διάρκεια των μαθημάτων έχει πειραματικό / ερευνητικό μέρος.
• Αξιοποιείται σε μεγάλο βαθμό από τους μεταπτυχιακούς φοιτητές η χρήση των σύγχρονων εργαστηρίων του ΤΕΦΑΑ.
• Παρέχεται η δυνατότητα στους μεταπτυχιακούς φοιτητές να πάρουν μέρος σε διεθνή και εθνικά συνέδρια παρουσιάζοντας τις ερευνητικές εργασίες τους ενθαρρύνοντας έτσι τη συμμετοχή τους σε ερευνητική δραστηριότητα. 
• Προϊόντα της έρευνας των διδασκόντων συζητούνται κατά τη διάρκεια των μαθημάτων και αποτελούν εφαλτήριο συζήτησης και εκκίνησης νέων ευκαιριών έρευνας στις οποίες οι μεταπτυχιακοί φοιτητές καλούνται να συμμετέχουν.
• Με τη διοργάνωση και πραγματοποίηση εκπαιδευτικών επισκέψεων στην Ελλάδα και το εξωτερικό και την επαφή με αυτές αυξάνεται και η πιθανότητα επαγγελματικής αποκατάστασης των μεταπτυχιακών φοιτητών.
• Η σημαντική ερευνητική δραστηριότητα του ΤΕΦΑΑ είναι αλληλένδετη με την εκπαιδευτική αποστολή του. Υπάρχει άμεση διασύνδεση του ΠΜΣ με την έρευνα σε συγκεκριμένα επιστημονικά πεδία μέσω της εμπλοκής των φοιτητών, καθώς και στα ερευνητικά προγράμματα που υλοποιούνται στο Τμήμα. Επίσης, όλα τα ερευνητικά έργα, που έχουν εκπονηθεί ή βρίσκονται σε εξέλιξη καλύπτουν επιστημονικά αντικείμενα τα οποία βρίσκονται σε απόλυτη συνάφεια με τα γνωστικά αντικείμενα που θεραπεύουν τα μέλη ΔΕΠ του Τμήματος, διδάσκουν στο ΠΜΣ ΑΚΥΓΑΣ, και περιλαμβάνονται στο Πρόγραμμα Σπουδών του. Το Τμήμα υποστηρίζει τη διαρκή προσαρμογή του περιεχομένου των διδασκόμενων μαθημάτων με βάση τις νέες επιστημονικές εξελίξεις στα πεδία που θεραπεύει και την ενεργή διασύνδεση των φοιτητών του με την ερευνητική αγορά εργασίας.